La section Rhône et Léman est responsable de la protection contre les crues du Rhône sur une longueur de 162 km et des 6,5 km de rives du Léman sur le territoire valaisan. Contrairement aux cours d'eau latéraux, le Rhône ainsi que les rives du lac relèvent de la compétence du canton.

L'une des tâches essentielles de la section est l'aménagement du Rhône (3e correction du Rhône) afin d'assurer une protection moderne contre les crues et protéger ainsi suffisamment les personnes et les biens dans la plaine. Sur le tronçon allant de Saint-Maurice à l'embouchure du Léman, la section collabore avec le canton de Vaud.

Le plus grand défi pour la réalisation d'une protection contre les crues est la coordination et l'intégration des groupes d'intérêts les plus divers et de leurs demandes, compte tenu de l'espace limité disponible dans la plaine fortement urbanisée.

La section Rhône et Léman est divisée territorialement en trois groupes. Au total, 15 ingénieurs ou collaborateurs scientifiques y travaillent.