La protection contre les crues doit en priorité être assurée par l'entretien des cours d'eau et par des mesures passives, telles que l'aménagement du territoire ou des systèmes de prévision et d'alerte (art. 5 LcACE). L'entretien des cours d'eau et des ouvrages de protection contre les crues est donc primordial pour garantir le niveau de protection requis. Les communes doivent établir une planification quadriennale de l’entretien des cours d’eau sur leur territoire, afin d’intervenir de manière ciblée selon les priorités (risques de débordement et dommages, état de dégradations des ouvrage, etc.) et annoncer annuellement les travaux prévus.

Selon l’art. 39 LcACE, toute mesure propre à maintenir la fonction des ouvrages de protection et à assurer un écoulement dynamique et naturel, en tenant compte des exigences de sécurité et d’environnement, est considérée comme entretien. Sont notamment compris :

a) les travaux de curage et de nettoyage (t.q. vidange de dépotoir et évacuation du bois flotté);

b) l'entretien des rives, des berges et des chemins de service;

c) les travaux de réfection de peu d'importance sur les ouvrages hydrauliques;

d) les mesures simples de stabilisation du lit et des berges;

e) la gestion de la végétation naturelle riveraine.

La végétation riveraine, située dans la zone inondable le long des rives et des talus d'un cours d'eau, est protégée par la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN). L’entretien doit y apporter toute l’attention requise en tenant compte du danger hydrologique, afin de garantir dans tous les cas la capacité d'écoulement et l'efficacité des ouvrages de protection.