La protection des eaux contre la pollution exige à la fois des mesures de prévention et d'assainissement. Les mesures de prévention concernent notamment les citernes contenant des liquides de nature à polluer les eaux (mazout, essence, etc.) ainsi que le stockage et l'épandage des engrais de ferme. Les mesures d'assainissement sont décrites sous les informations relatives à l'assainissement des eaux, l'assainissement des sites pollués et la gestion des déchets.

Les garages, ateliers mécaniques ou carrosseries sont soumis à des contrôles périodiques afin de vérifier si les prescriptions dans les domaines de la protection des eaux, de l'élimination des déchets, de l'entreposage de liquides présentant des risques de contamination des eaux sont respectées (art. 15 et 22 LEaux, art. 13 et 15 OEaux).

Le canton du Valais a chargé l'Inspectorat de l'environnement (IE) de l'Union professionnelle suisse de l'automobile (UPSA) d'effectuer ces contrôles périodiques.

Les communes sont responsables du traitement des eaux polluées produites sur leur territoire et doivent tenir un cadastre avec les entreprises à contrôler (art. 26 LcEaux).

Les véhicules abandonnés peuvent créer un risque de de pollution des eaux ou d’atteinte à l’environnement. Le Service de l’environnement a édité une aide à l’exécution pour l'élimination des dépôts illicites de véhicules destiné aux communes responsable de cette problématique sur leur territoire (art. 6 LcEaux). Le SEN met également à disposition des communes des modèles de sommation et décision destinés aux contrevenants.