Les micropolluants organiques désignent les composés et substances issus des activités humaines qui se retrouvent dans le milieu naturel et les eaux à des concentrations très faibles de l'ordre du nanogramme ou du microgramme par litre. Ces composés regroupent aussi bien des pesticides, résidus médicamenteux, produits cosmétiques ou additifs présents dans les produits d’entretien domestiques et industriels. Certains de ces produits, en raison de leur toxicité, persistance ou bioaccumulation, peuvent avoir des effets néfastes sur la santé et l'environnement. Leur présence dans les milieux naturels et les eaux n'est pas nouvelle, le développement récent des méthodes analytiques plus performantes a montré que ces substances y sont présentes depuis longtemps.

Le SEN suit de manière continue la qualité des eaux du Rhône depuis 2006 en amont du Léman. Les résultats d’analyses permettent de suivre la qualité des eaux du Rhône vis-à-vis des produits phytosanitaires (PPS) utilisés en agriculture et issus des productions industrielles. Ce monitoring permet également de contrôler l’efficacité des mesures prises par les industries sur le bassin versant et de s’assurer qu’elles respectent les autorisations de rejets délivrées ainsi que la ligne directrice cantonale en matière de rejets de micropolluants adoptée par l’industrie en 2008. Les résultats permettent également de suivre certains médicaments présents dans les eaux usées domestiques et pour l’instant non traités sur les STEP. A plus long terme, il est également prévu que les 6 plus grandes STEP du Valais soient équipées d’un système de traitement des micropolluants.

Le Conseil d’Etat du Canton du Valais a approuvé en 2017 la mise en place d’un groupe de travail stratégie micropolluants interservices qui s’engage à mener des actions pour la réduction des micropolluants d’origines agricole et domestique par une action d’amélioration continue concertée entre les Services de l’environnement, de l’agriculture et de la consommation.

Dans le domaine agricole, le plan d’action fédéral décliné au niveau cantonal adopté par le Service de l’agriculture (SCA) en 2018 devrait également contribuer à la réduction des apports des produits phytosanitaires d’origine agricole dans les eaux. Le SCA contribue ainsi à une meilleure protection des eaux sur le Canton du Valais en mettant à disposition des agriculteurs sur son site un grand nombre d’outils et d’informations.

Au niveau domestique, le Service cantonal de l’environnement initie une campagne de communication et de sensibilisation « Lutter contre les micropolluants ». Le SEN rappelle ces bonnes pratiques au travers d’affiches, de dépliants informatifs et ateliers dans les jardins familiaux au printemps 2020, fournissant ainsi des astuces et recommandations pour les concrétiser.