Dans ce domaine, le SEN :

• surveille la qualité des eaux souterraines et de surface;
• délimite les secteurs dans lesquels une protection particulière des eaux est nécessaire; veille à l'homologation des zones de protection des captages d'eau potable délimitées par les communes;
• définit, en étroite collaboration avec les communes, les besoins en installations d'évacuation et de traitement des eaux;
• coordonne et subventionne la réalisation de telles installations;
• contrôle la qualité des eaux usées traitées dans les stations d'épuration communales et industrielles;
• veille au stockage correct des liquides pouvant polluer les eaux (par exemple les solvants ou les huiles de chauffage) ainsi que des engrais de ferme;
• Evalue et préavise les projets touchant les eaux de souterraines et les eaux de surface et établit les autorisations spéciales (forages, captages, rejets…).