Le site est occupé par les trois espèces de batraciens que l’on peut rencontrer à cette altitude, la grenouille rousse, le crapaud commun et le triton alpestre. Il est possible d’observer également des araignées, comme l’épeire feuille de chêne, présente en abondance sur le site. Plusieurs espèces d’oiseaux indicateurs des paysages agricoles extensifs nichent sur le site ou à proximité immédiate, comme le tarier des prés. Ce petit oiseau est lié aux prairies humides à hautes herbes et est considéré comme potentiellement menacé en Suisse.

La végétation au sein des bas-marais de Pisa-Ripaille est très diversifiée avec des espèces inféodées aux milieux humides, comme la linaigrette à larges feuilles, l’orchis de Fuchs ou encore l’orchis moucheron. Elle est entretenue de manière extensive grâce à la pâture.